In realtà l’edificio fu dall’Alto Medio Evo residenza dei Principi Vescovi di Trento e continuò a portare il nome di Palatium Episcopatus anche molto tempo dopo che i Vescovi, verso il 1255, si trasferirono al Castello del Buonconsiglio. Si trattò di una sorta di rifondazione del museo che ora acquisiva una sede definitiva e cen­trale. Tuttavia non tutti gli ambienti del palazzo erano stati restaura­ti, non tutte le raccolte avevano trovato adeguata illustrazione nel primo assetto espositivo. Nel 1991 si diede avvio a una nuova, radicale ristrutturazione dal palazzo, così da giungere nel 1995 alla ridefinizione del percorso espositivo e al nuovo allestimento.